Lingviștii specializați în istoria limbii japoneze sînt de acord în privința faptului că aceasta este una dintre cele două limbi japonice (cealaltă fiind limba ryukyuană, vorbită de exemplu în Okinawa), dar în legatură cu originea acestora încă nu exista o teorie comună. Circulă și opinia, mai ales printre nespecialiști, că limba japoneză ar fi o limbă izolată.
În ce privește legatura dintre japoneză și alte limbi, există mai multe teorii contradictorii, prezentate mai jos în ordinea descrescătoare a plauzibilității:
* Limba japoneză este înrudită cu o serie de limbi dispărute, care au fost vorbite în peninsula coreeană și în Manciuria. Dintre aceste limbi cel mai bine atestată este cea vorbită în Goguryeo (sau Koguryo); alte limbi, mai puțin documentate, sînt cele vorbite în Baekje (sau Paekche) și Buyeo (sau Puyo) care se presupune că erau înrudite. Informații limitate precum și legăturile dintre aceste culturi furnizează principalele dovezi.
* Limba japoneză se înrudește cu alte limbi asiatice. Această teorie susține că japoneza ar fi înrudită cu limbi precum limba coreeană și posibil de asemenea cu limbile sino-tibetane.
* Limba japoneză se înrudește cu familia de limbi altaice. Această familie mai include: limba mongolă, limba tunguză, limba turcă, și, discutabil, limba coreeană. O dovadă în sprijinul acestei ipoteze constă în caracterul aglutinativ al limbii japoneze, comun cu limba turcă și limba coreeană. În plus există un număr considerabil de corespondențe în vocabularul de bază, ca de exemplu: ishi "piatră" (cf. daș în turcă), yon "patru" (cf. dört în turcă).
* Limba japoneză este o limbă creolă (formată prin transformarea unei limbi auxiliare, rudimentare, folosite numai în contactul cu alte etnii, într-o limbă de sine stătătoare peste un substrat lingvistic anterior). În cazul japonezei, conform acestei ipoteze, substratul este o limbă altaică, iar superstratul este o limbă astroneziană, sau invers. Structura gramaticală este altaică, iar vocabularul de bază este astronezian.
* Limba japoneză este înrudită cu limbi ale Asiei de Sud. Ono Susumu sugerează o posibilă legătură cu limba tamil, un reprezentant al limbilor dravidiene vorbite în sudul Indiei.
Specialiștii în istoria limbii japoneze sînt de acord că japoneza și ryukyuana se înrudesc formînd familia de limbi japonice, și apreciază că înrudirea cu limba vorbită în Goguryeo este foarte probabilă. Relația cu limba coreeană, deși foarte plauzibilă, este încă în discuție. Ipoteza originii altaice are relativ puțină trecere, iar înrudirea cu limba tamil este privită cu multă rezervă.
Trebuie menționat că rezultatele studiilor lingvistice se confruntă adesea cu piedici de natură neștiințifică, precum interesele politice ori fricțiunile dintre țări sau populații. Aceeași situație se întîlnește și în Japonia, care are o istorie lungă de conflicte cu popoarele învecinate.